Archive for toukokuu 2010

Family Finderista rohkaisevia tuloksia

tiistai, 2010-05-25

Uusi 2010 keväällä luotu Family Finder -testi on jo monelle todella löytänyt uusia alle viidensiksi serkuiksi luokiteltuja DNA-sukulaisia. Usean alle viidenneksi serkuksi luokitellun esivanhemmat ovat maantieteellisesti lähiseudulta. Kun suorien isä- ja äitilinjojen haploryhmät poikkeavat,  eivät ne siitä syystä näy suorien linjojen Y-DNA- eikä mtDNA-testien täsmäävien listoilla.

Jos miehen antamasta näytteestä on jo Y-DNA 67 markkerin vertailutulos ja mtDNA korkeimman tason eli Full Sequence-tutkimuksen valmiina, voi todella suositella Family Finderia. Se testi ottaa väestön sekaperimästä 22 autosomaalikromosomia tarkasteluun ja vertaa sieltä 500.000 kohtaa pieninä pätkinä toisiin Family Finder -tutkittuihin.

Family Finder-testi voidaan tehdä sekä miehen että naisen näytteestä.

Uusille DNA-tutkittaville suositus on:

Miespuoliselle näytteenantajalle:

Perusteellinen perimätutkimus, Comprehensive Genome,  se sisältää suoran isälinjan 67 markkeria, suoran äitilinjan täystutkimuksen, eli Full Sequences  sekä Family Finderin 22 autosomaalivertailun muihin tutkittuihin nähden.

Jos haluaa jättää autosomaalitutkimuksen pois, suositus on Super DNA, sillä se sisältää Suomen vertailuihin tarpellisen 67 markkeria isälinjasta ja äitilinjasta 16569 mtDNA-markkeria

Jos haluaa pelkän suoran isälinjan, suositus on Y-DNA 67 markkeria

Jos haluaa pelkän äitilinjan, suositus on täystutkimus Full Sequence. 

Naispuoliset näytteenantajat:

Suositus on suoran äitilinjan täystutkimus mtDNAFull Sequence + Family Finder.

Jos haluaa jättää toisen pois, suositus on mtDNA Full Sequence.

Koska testitulosten saaminen vie aikansa, ja jälkeenpäin lisäanalyysin tilaaminen on jonkin verran kalliimpaa, siksi suositus on kerralla tilata mahdollisimman täydellinen taso. Family Finderissa ei olekaan eri tasoja, vaan täsmäävät asettuvat läheisyysjärjestykseen. Toisin on sen sijaan suorissa isä- ja äitilinjoissa. Jos tilaa aluksi niiden alempia analyysitasoja, tulee useimmiten paljon täsmääviä ja vasta jälkianalyysitilaus eli testitason korottaminen korkeimmalle tasolle löytää lähimmän DNA-sukulaisen suorissa isä- ja äitilinjoissa. 

Tilausruuhkan takia vain suoran isälinjan testitulos tulee laboratoriosta ulos hyvinkin nopeasti, ensi tulos jopa parissa kolmessa viikossa, mutta äitilinjassa ja Family Finderissa joutuu ehkä varautumaan viiveeseen. Kuitenkin kaikki tilaukset on odotuksen jälkeen toimitettu, vaikka tarkka laatutarkastus vie joskus uusinta-analyysikierrokselle ja aiheuttaa viivettä.

Bookmark and Share

3 uutta I1d:n suomalais-alahaploryhmää ehdolla:L258,L287,L296,L300 testit tilattavissa 79 dollarilla Advanced tests,SNP:stä, etsien rajoja L258+ suomalais-alahaplotyypille I1d:ssä

tiistai, 2010-05-11

Testit L258,L287,L296,L300 voi tilata yhdellä kertaa 79 dollarilla Advanced Orders, SNP -linkistä ruksaamalla vain kohdan L22. Huomio: Jos tilaa Deep I:n Haplotree -kohdasta esim. 79 dollarilla, tulee vain tulos, onko L22+ vai L22- sekä muita miinuksia tai plussia siinä näkyvästä haplopuu-kuvasta.

8 uutta testitulosta 30.8. näyttävät vahvistavan,  että I1d:ssä on laajalle levinnyt suomalaismutaatioyhdistelmä L22+,L258+,L287+.  Sen sijaan vasta yksi L22+,L258+,L287+,L296+ on löytynyt. Toistakin harvinaisuutta on vasta yksi tapaus: L22+,L258-,L300+. Tätä tyyppiä voi löytyä Suomen ulkopuolelta, koska Suomessa yhdistelmä L22+,L258- ei ole yleinen.

Tähän mennessä pelkästään Suomeen esi-isänsä sijoittaneilla I1d-haploryhmäläisillä on tavattu L258+ tulos.Yhteisenä piirteenä L258+ testituloksille on tähän mennessä:

DYS 390=23, DYS 413 a,b=21,24(tai 24,24)

Kannattaa testata L258, jos sinulla on 1-2 poikkeamaa seuraavista: DYS 390=23, DYS 439=10,DYS 511=9, DYS 413 a,b=21,24

L258+ testituloksen ovat saaneet kit-numerot:

N2290
N14141
N29608 (lisäksi uudet L287+ ja L296+, jotka saattavat tulla erillistestikohteiksi)
N56498
86126
102565
103055
108039
124344
127427
136297
153232
160296
167142
173525
178466
Näille I1d-haploille on yhteistä: DYS 390=23, DYS 439=10(paitsi yhdellä on 439=11), DYS 511=9(paitsi yhdellä on DYS511=10), DYS 413 a,b =21,24 tai 24,24.
Näistä määräävin tunnusmerkki on DYS 413 a,b =21,24 tai 24,24 sekä DYS 390=23

Varsinkin jos Y-DNA henkilökohtaiset kartat sivulla omat DYS-arvot poikkeavat näihin kit-numeroihin nähden kohdissa 439, 511 ja 413 a,b , niin alahaploryhmän muotoutumista auttaa, jos tilaa L258-testin 29 dollarilla (+9,5 $). Tilauspolku: Order tests & upgrades, Advanced Orders, SNP. 

On tutkittu Ruotsin, Norjan ja Puolan I1d-haploon kuuluvia. Kaikille niille on tähän mennessä tullut arvo L258-. Suomalaisille I1d-haplolaiselle on tullut L258-, mutta silloin DYS 413 a,b ei ollut 21,24 tai 24,24.

Lisäksi Suomesta on löydetty L300+, kun L22+, L258- ja DYS 413 a,b = 23,24

kit 164023

Uudet alahaploehdotuskaaviot joka haploryhmälle:

http://ytree.ftdna.com/index.php?name=Draft&parent=root

Kerran vuodessa, noin loka-marraskuussa, kokoontuu virallisenluontoinen elin. joka määrittelee uusia alahaploryhmiä. Sen jälkeen on Deep I -testissä mukana varmaankin nyt löydetyistä ainakin L258.  Onko mukana L287, L296 ja L300 ja niille oma alahaploryhmätunnus, riippunee siitä, ovatko nämä mutaatiot yleisiä.

Bookmark and Share

Family Finder – update

lauantai, 2010-05-08

Anteeksi, mutta tämä kirjoitus on saatavana ainoastaan näillä kielillä: English ja Svenska.

Bookmark and Share